口袋妖怪叶绿版的三周目开启需要完成特定条件并触发隐藏剧情。首先必须确保二周目主线任务全部完成，包括击败四天王、冠军联盟以及捕捉所有神兽。部分关键剧情如七岛任务、华蓝洞窟超梦事件需全部解决，同时宝可梦图鉴收集进度需达到一定比例（通常要求接近完成）。这些基础条件是进入三周目的必要前提。
完成二周目后，需前往特定地点触发隐藏机制。返回真新镇与大木博士对话可能获得新线索，或前往枯叶市港口检查船票状态。部分版本要求玩家在关东地区所有道馆重新挑战并取得特殊徽章，需注意与各地NPC的交互细节。若在石英高原联盟大厅发现新增NPC，则表明三周目剧情已具备触发条件，需与其对话获取关键道具或任务。
探索隐藏区域是三周目开启的核心环节。前往七岛中的诞生之岛或边境的小岛，使用神秘船票或特殊道具进入。部分情况下需携带特定宝可梦（如拉帝欧斯/拉帝亚斯）才能激活传送点。在岛屿深处完成解谜事件后，时空裂缝或反转世界入口将开放，系统会提示三周目剧情正式启动。
最终阶段需注意三周目与二周目的机制差异。新剧情中部分神兽的捕捉地点会重置，道馆首领的阵容和等级显著提升。建议在进入前确保队伍中有至少三只满级宝可梦，并备足高级球和恢复道具。完成全部隐藏任务后，存档界面将显示特殊标识以确认三周目开启成功。
