口袋妖怪火红七岛任务完成后，游戏并未结束，而是开启了更丰富的探索内容。玩家可以返回关都地区继续挑战此前未完成的隐藏要素，例如寻找三圣鸟中的急冻鸟。这只传说宝可梦位于双子岛深处，需通过推石头解谜才能抵达其栖息地。红莲岛的废弃研究所内藏有火焰鸟的踪迹，而闪电鸟则栖息在无人发电厂。捕获这三只神兽需要充分准备高级球和状态异常技能。
完成三圣鸟收集后，玩家可前往华南市的宝可梦豪宅触发超梦剧情。该剧情需要先获得彩虹徽章和黄金徽章，之后在豪宅地下室取得钥匙，进入华蓝洞窟最深处。超梦作为游戏中最强的传说宝可梦，等级高达70级且掌握强力的超能力系技能，建议队伍平均等级达到65级以上再尝试挑战。战斗前保存进度并携带足够的高级球或大师球至关重要。
游戏后期可重复挑战关都地区的八大道馆馆主，他们的队伍等级会提升至60级左右，并调整阵容强度。这种设定为玩家提供了检验队伍实力的机会，同时能获取更高级的技能机器。枯叶市的马志士会使用雷电拳雷丘，彩虹市的艾莉嘉则派出霸王花与大食花组合，这些强化后的馆主战比初次挑战更具策略性。
四岛冰瀑洞窟深处存在隐藏的化石复活点，可将之前获得的化石复活为镰刀盔或菊石兽。六岛的遗迹山谷能捕获未知图腾的多种形态，每种形态对应不同字母符号。这些收集要素虽不影响主线进程，但能充实图鉴完成度。
游戏最终隐藏挑战位于白银山的冠军之路，这里会出现等级逼近80级的野生宝可梦，包括快龙、暴飞龙等准神兽。穿越该区域后可与青绿进行终极对战，其队伍包含风速狗、椰蛋树和暴鲤龙等完全进化的强力宝可梦。这场战斗的难度远超四天王，需要针对属性弱点进行精确配招。
通关后的自由探索阶段还包含多项支线任务，如帮助正辉完成宝可梦变身研究，或参与彩虹游戏中心的兑换活动。这些内容虽分散但共同构成了完整的后游戏体验，使火红版在主线之外仍保持足够的可玩深度。合理规划探索路线能有效提升收集效率，建议优先处理神兽捕获和馆主再战等高价值目标。
