口袋妖怪火红通关后仍保留丰富的训练方式，玩家可通过挑战特殊区域、收集隐藏道具及培养特殊精灵来延续游戏体验。通关后解锁的七岛区域包含多个高难度训练师和稀有精灵，如火焰鸟、急冻鸟等传说宝可梦的捕捉任务。这些岛屿的地形设计复杂，需要运用冲浪、攀瀑等秘传技能才能探索完整区域，部分洞穴还设置了需要推动巨石的谜题机制。战斗边疆区域提供五种不同类型的对战设施，每种设施都有独特的规则限制，例如禁止使用恢复道具或限定精灵等级，这种设计能有效检验玩家对属性克制和技能搭配的理解深度。
游戏内存在需要特定条件触发的隐藏训练师，这类NPC往往携带特殊配招的精灵队伍。通过反复挑战精英训练师可获得提升个体值的营养药剂，这些道具对培养完美属性的精灵至关重要。秘密基地系统允许玩家自定义训练场地并生成对应强度的模拟对手，该系统会根据玩家当前队伍强度动态调整敌方精灵的等级和技能组合。完成图鉴收集任务后，大木博士会赠送提升经验值的幸运蛋，该道具能显著加速后期精灵的培养效率。
特殊进化方式构成了后期训练的重要内容，包括亲密度进化、携带特定道具通信进化等机制。游戏内设置了需要特定时间或地点才能进化的精灵，如伊布在苔岩附近进化为叶伊布，这种设计鼓励玩家探索全部地图区域。对战塔等设施会记录玩家的连胜数据，并依据战绩解锁特殊奖励，包括稀有技能机器和特性胶囊。通过联机功能与其它玩家交换精灵能获得无法在本版本捕获的宝可梦，这种社交要素延长了游戏的可持续玩法。
后期训练的核心在于个体值与努力值的精细化分配，玩家需要通过反复战斗来调整精灵的能力成长方向。游戏隐藏的判定系统会依据队伍配置生成针对性对手，这要求玩家建立更平衡的队伍搭配。隐藏道具如红线、命运绳结等遗传道具的获取，为培育特定技能的后代精灵提供了技术支撑。游戏结局后的内容设计实质上构成了一个动态难度系统，随着玩家实力提升，隐藏要素的挑战阈值会相应提高。
游戏内的时间事件系统影响着部分精灵的出现概率和形态变化，昼夜交替机制使某些区域仅在特定时段开放。通过完成连锁捕获任务可提升闪光精灵的出现几率，这种机制需要玩家掌握特定的遭遇技巧。遗忘爷爷和心之鳞片系统的存在，允许玩家重新分配精灵的技能组合，这种灵活性强化了后期战术调整的空间。游戏结局后的内容并非线性流程，而是通过多重系统交织形成的网状挑战结构。
这些机制共同作用形成了独特的游戏循环：探索触发新挑战，挑战获得成长资源，资源助力更深层探索。这种设计理念使得游戏在主线剧情结束后仍能提供数十小时的有效玩法，各类系统间的协同效应放大了单要素的玩法深度。
